Το ισχυρό ανάγλυφο, οι μεγάλες υψομετρικές διαφορές (144μ – 2.429μ) και ο μεγάλος αριθμός ρεμάτων συμβάλλουν στη δημιουργία πολλών και διαφορετικών φυσικών οικοτόπων που παράλληλα χαρακτηρίζονται από μεγάλη ποικιλία ειδών.
Μερικοί από τους εν λόγω φυσικούς οικοτόπους είναι : τα αλπικά λιβάδια, τα δάση ελάτης, πεύκης, φυλλοβόλων ειδών όπως οι βελανιδιές, οι κουμαριές, οι αγριοκερασιές, οι φουντουκιές, οι κουτσουπιές, οι φλαμουριές, τα πλατάνια κ.λπ. καθώς και το μοναδικό δάσος Ιτάμου που συναντάται στα ανατολικά του Πάρκου (περιοχή του Ασπροποτάμου).
Στα διάκενα των δασών και στα αλπικά λιβάδια φύονται χρήσιμα αρωματικά φυτά και θεραπευτικά βότανα. Πιο χαρακτηριστικά είναι η άγρια μέντα, το σαλέπι, το τσάι, η ρίγανη, ο κόκκινος κρίνος, οι ορχιδέες, και πολλά άλλα φυτά, τα οποία κατά την ανθοφορία τους, δημιουργούν ένα συνονθύλευμα αρωμάτων, χαρακτηριστικών των ορεινών περιοχών. Οι οικότοποι που αναγνωρίστηκαν στο Εθνικό Πάρκο Τζουμέρκων, Περιστερίου και χαράδρας Αράχθου στις τρεις περιοχές (site) Natura GR2130007, GR2110002, GR2130013 (Ειδική περιβαλλοντική μελέτη ) περιγράφονται συνοπτικά παρακάτω πίνακα.
| Κωδ. Τύπου Οικοτόπου | Ονομασία Τύπων Οικοτόπων της Οδηγίας 92/43/ΕΟΚ |
| 3280 | Ποταμοί της Μεσογείου με μόνιμη ροή από Paspalo-Agrostidion και πυκνή βλάστηση με μορφή παραπετάσματος από Salix και Populus alba στις όχθες του |
| 3290 | Ποταμοί της Μεσογείου με περιοδική ροή από Paspalo-Agrostidion |
| 4090 | Ενδημικά ορο-Μεσογειακά χέρσα εδάφη με ακανθώδεις θάμνους |
| 5210 | Δενδρώδεις σκληρόφυλλοι θαμνώνες (matorral) με Juniperus spp. |
| 6230* | Πλούσιοι σε είδη λειμώνες με Nardus σε πυριτικά υποστρώματα των ορεινών ζωνών (και των ημιορεινών ζωνών της ηπειρωτικής Ευρώπης) |
| 8140 | Βλάστηση λιθώνων (σαρών) της Ανατολικής Μεσογείου |
| 8210 | Ασβεστολιθικά βραχώδη πρανή με χασμοφυτική βλάστηση |
| 9270 | Ελληνικά δάση οξιάς με Abies borisii-regis |
| 92C0 | Δάση με Platanus orientalis (Platanion orientalis) |
| 9530* | (Υπο -)Μεσογειακά πευκοδάση με ενδημικά μαυρόπευκα (Pinus nigra) |
| 9560* | Ενδημικά δάση με αρκεύθους (Juniperus spp.) |
| 9130 | Δάσος οξιάς της Asperulo-Fagetum |
| 9340h | Θαμνώνες και δάση αείφυλλων σκληρόφυλλων με αριά (Querus ilex) και δάφνη(Laurus nobilis) |
| 9280h | Yποβαθμισμένοι βοσκούμενοι θαμνώνες με πουρνάρι (Quercus coccifera), φιλλύκι (Phillyrea latifolia) & οξύκεδρο κέδρο (Juniperus oxycedrus) |
| 5350h | Μικτοί θαμνώνες αείφυλλων σκληρόφυλλων και φυλλοβόλων με πουρνάρι(Quercus coccifera) και γαύρο (Carpinus orientalis) |
| 924Ah | Δάση φυλλοβόλων δρυών με πλατύφυλλη δρυ (Quercus frainetto) |
| 934Αh | Ελληνικά δάση πρίνου |
| 951Bh | Δάση ελληνικής ελάτης (Abies cephalonica) |
Με (*) σημειώνονται οι τύποι οικοτόπων προτεραιότητας.
